Ao final da segunda temporada, após o velocista Zoom ser derrotado, Iris falou a Barry que estava pronta para um relacionamento entre os dois. Isso sempre foi o que ele queria, mas os eventos recentes abalaram muito Barry. Ao invés de esperar que o tempo cure suas feridas, ele decide voltar na noite em que sua mãe foi morta, evitando que Flash Reverso a assassine. Isso dá início aos eventos de Flashpoint. 

Flashpoint foi uma minisérie de 5 capítulos escrita por Geoff Johns e ilustrada por Andy Kubert. É contada a história de Barry Allen em uma linha do tempo alternativa, onde ele não possui nenhum poder e não existe Superman ou Flash. O Batman é Thomas Wayne e seu filho, Bruce foi assassinado. Como Barry é o único que se lembra da linha do tempo original, ele faz de tudo para recuperar seus poderes e arrumar todo o estrago causado ao salvar sua mãe.

A terceira temporada de The Flash estreia em 4 de outubro de 2016.